行政自制理论强调行政机关应当自我约束，遵守法律和规章，使其行为合法、合理、合法，以此实现行政合法性和行政效率的统一。行政权力分立则是指行政机关、立法机关和司法机关之间相互制衡、相互约束，避免权力过度集中，保障国家行政权力的合法性和公正性。行政自制理论与行政权力分立理论都是为了实现行政权力的合法性和限制行政滥用权力的目的，二者是相辅相成的关系。
在实践中，为了有效实现行政自制和行政权力分立，可以采取一些具体措施。首先是建立健全的法律体系，明确规定行政机关的职责权限，规范行政行为的标准和程序，确保行政机关依法行使权力。其次是加强行政监督，建立独立的监督机构或者加强司法审查，监督行政机关的行为是否合法、合理。再者是提高行政机关的透明度，公开行政机关的信息和决策过程，接受社会监督，增加行政机关的自我约束力。最后是加强行政机关内部管理，建立健全的内部监督机制，防止权力滥用和腐败现象的发生。
例如，对于某个国家的监狱管理机构来说，可以建立监狱法律法规体系，明确监狱机构的职责和权限；设立独立的监狱监督委员会，对监狱机构的行为进行监督检查；公开监狱的管理规定和监狱囚犯的基本权利，接受社会监督；建立监狱内部的投诉机制和监督机制，防止监狱管理人员的滥用职权和腐败行为发生。这些措施可以有效地实现监狱管理机构的行政自制和行政权力分立，保障监狱管理的合法性和公正性。